VXではアニメーションの概念が変わっています。

対象物の動きに追従しないのと、1/15秒更新が大きな変化です。
マップのキャラクターにアニメを表示させ、そのキャラが移動するとアニメはその場所に取り残されることになります。
アニメを対象物の動きに追従させるのは簡単ですが、キャラの移動更新が3回行われた後にアニメがようやく動く仕組みなので、キャラの後ろをアニメがついていくような見栄えになり、カクカクして見えます。
デフォルトで追従機能を廃止したのはこれが理由ですね。
マップは地形IDがありません。
階段の表現やイベント取得に利用できないのでマップのしかけが作りにくくなっています。

オートタイルのチップサイズが32ピクセル小さくなっています。
四隅が丸いオートタイルが作りにくく、マップ全体のチップデザインが四角を基調としたオールドスタイルになります。
戦闘メッセージを使うというのが、アクティブタイムバトルシステムと相性よくありません。サイドビューバトルも同様です。
いちおうメッセージ表示可能のサイドビューというのも作ってますが、メッセージを見てるとキャラの動きに目がいかず、サイドビューの長所を削いでいるのでオススメできません。ダメージ数字をPOPするようにしたらもうメッセージとかいらなくなります。

アクターに設定されるキャラチップ、顔グラが矩形取得になっているため、ファイル名がキャラごとに独立しておらずRGSS上で利用するのに扱いづらい。アイコンも矩形取得になっているので同様。
RGSS2で画面サイズを変更しても最初に立ち上がるウインドウは544*416で、そこから変化するため見栄えが少し悪い。

以上がここ数日VXを触って気づいた悪い部分。

んでいい部分なんスけど、RGSS2は1に比べて高速化を意識した作りになっているような気がしました。体感できるレベルではないと思いますが、アイテム周りで不満のあったRGSS1と比べてもアイテム数が増加した分だけ重くなる仕様が少し軽減されているような。
バトルシーンもupdate中心のRGSS1は扱いにくかったのですが、RGSS2はウエイト機構を独立させたことによって格段にいじりやすくなっています。式の途中にウエイトを挟んだらそこから次にいくまで待つという仕様はナイスです。よりイベント感覚で作れます。
この仕様のためフェイズやセクションといった概念がなくなりました。
以上がいい点。あれ少ないやｗ

現時点での個人的な感想ですが。
XPを持ってるのであれば、VXにいろんなスクリプト入れてXP機能を復活させるのは正直いってメリットなさそうです。
特にXPでFPSを60にし軽量化にもこだわったゲームを作っているならば、VXを使うメリットはもうほとんどありません。

VXの画面スクロールも、FPS60化したXPと実は大差ないんです。
動きがなめらかに見えるのはキャラの移動速度が遅いだけで、XPで同じ処理を施すともう両者の違いが分かりません。
VXのキレイなフォントも、XPの装飾文字スクリプトと一緒ですし。
ただ、XP持ってない人なら話は別かも。
そういう人にとってXP機能を復活させるRGSS2は重宝しそう。

１月２日の拍手コメントです。

■そう、ボケてツッコミがない時ほど恥ずかしいものはありません。
ヨカッタヨ、ツッコンデクレテ。
2008年は「スタイル」がくるヨ！きっと！
黒歴史スタイル、エターナルスタイル、サイドビュースタイル、萌えスタイル、つまり何でも語尾にスタイルを付けることこそ真のボクらのマイスタイルですか？
■おめでとデスヨ〜！
（ラップ調で）コッコッ今年も　コッコッ今年も　よろしくよろしくヨロヨロヨロヨロ　よろしくお願い　いたします！